Koledža piedāvā četras pirmā līmeņa profesionālās augstākās izglītības programmas: māszinības, ārstniecība, sociālā aprūpe un sociālā rehabilitācija un divas arodizglītības programmas. Koledžā studē apmēram 250 studenti.

Skolēnu mācību uzņēmumu darbība, karjeras izglītības ievirze, saistoši ārpusklases pasākumi, starptautisku projektu īstenošana, labs materiāli tehniskais nodrošinājums, ir kopmītnes. No 7.klases - Zinātniski pētnieciskās darbības ievirze, programmēšanas apguve.

Speciālā pamatizglītības programmas izglītojamiem ar garīgās attīstības traucējumiem, ar smagiem garīgās attīstības traucējumiem vai vairākiem smagiem attīstības traucējumiem. Arodprogrammas: ēdināšanas serviss, šūto izstrādājumu ražošanas tehnoloģija, kokizstrādājumu izgatavošana.

Latvijas Universitātes P. Stradiņa medicīnas koledža piedāvā apgūt darba tirgū pieprasītās profesijas veselības un sociālās aprūpes nozarēs, 2 vai 3 studiju gadu laikā pilna laika klātienes studijās ir iespēja iegūt kvalifikāciju: ārsta palīgs, skaistumkopšanas speciālists kosmetoloģijā, masieris, biomedicīnas laborants, radiologa asistents, podologs, sociālais aprūpētājs, sociālais rehabilitētājs. Studijas par valsts budžeta līdzekļiem un maksas programmas.

Malnavas koledža ir lielākā lauksaimniecības un autotransporta apmācības izglītības iestāde Latgales reģionā. Koledža šobrīd īsteno studiju programmas Autotransports, Uzņēmējdarbība lauksaimniecībā un Grāmatvedība un profesionālās vidējās izglītības programmas Banku zinības un finanses, Lauksaimniecība un Autotransports.