Speciālā pamatizglītības programmas izglītojamiem ar garīgās attīstības traucējumiem, ar smagiem garīgās attīstības traucējumiem vai vairākiem smagiem attīstības traucējumiem. Arodprogrammas: ēdināšanas serviss, šūto izstrādājumu ražošanas tehnoloģija, kokizstrādājumu izgatavošana.

Skola realizē vispārējās pamatizglītības programmas krievu un latviešu valodā. Skola nodrošina iespēju izglītojamajiem darba dienās uzturēties internātā. Skolā ir plašs interešu izglītības klāsts.

Piedāvātās izglītības programmas: Administratīvie un sekretāra pakalpojumi, Interjera dizains, Autotransports, Kokizstrādājumu izgatavošana, Būvdarbi, Komerczinības, Datorsistēmas, Programmēšana, Enerģētika un elektrotehnika, Viesnīcu pakalpojumi

Vispārējā izglītība un amatu izglītība trīs gados. Jauki skolotāji un darbinieki, kas rūpējas par katra skolēna labsajūtu. Dzīvošana ērtās, mājīgās un jaunās kopmītnēs bez maksas. Mūsdienīgi dabaszinātņu un matemātikas kabineti.

Bijusī padomju armijas raķešu bāze un Zeltiņu vēstures krātuve (muzejs). Bijušais īpaši slepenais militārais objekts vēl šodien glabā daudz nezināmas un interesantas informācijas. Nostāsti nelīdzēs – šī vieta jāredz pašam.

Malnavas koledža ir lielākā lauksaimniecības un autotransporta apmācības izglītības iestāde Latgales reģionā. Koledža šobrīd īsteno studiju programmas Autotransports, Uzņēmējdarbība lauksaimniecībā un Grāmatvedība un profesionālās vidējās izglītības programmas Banku zinības un finanses, Lauksaimniecība un Autotransports.