Speciālā pamatizglītības programmas izglītojamiem ar garīgās attīstības traucējumiem, ar smagiem garīgās attīstības traucējumiem vai vairākiem smagiem attīstības traucējumiem. Arodprogrammas: ēdināšanas serviss, šūto izstrādājumu ražošanas tehnoloģija, kokizstrādājumu izgatavošana.
Malnavas koledža ir lielākā lauksaimniecības un autotransporta apmācības izglītības iestāde Latgales reģionā. Koledža šobrīd īsteno studiju programmas Autotransports, Uzņēmējdarbība lauksaimniecībā un Grāmatvedība un profesionālās vidējās izglītības programmas Banku zinības un finanses, Lauksaimniecība un Autotransports.
Latvijas Universitātes Paula Stradiņa medicīnas koledža piedāvā studijas divos studiju virzienos – Veselības aprūpe un Sociālā labklājība, kuros ir akreditētas 9 pirmā līmeņa profesionālās augstākās izglītības studiju programmas: Māszinības, Ārstniecība, Estētiskā kosmetoloģija, Ārstnieciskā masāža, Biomedicīnas laborants, Radiologa asistents, Podoloģija, Sociālā aprūpe, Sociālā rehabilitācija.
Skolēnu mācību uzņēmumu darbība, karjeras izglītības ievirze, saistoši ārpusklases pasākumi, starptautisku projektu īstenošana, labs materiāli tehniskais nodrošinājums, ir kopmītnes. No 7.klases - Zinātniski pētnieciskās darbības ievirze, programmēšanas apguve.
Skolas misija ir nodrošināt labu izglītību skolēniem no visiem sabiedrības sociālajiem slāņiem. Skolā var iestāties ikviens skolēns no 1.—12.klasei.
